"The Flowers of War" spielt während der japanischen Invasion Chinas. Es ist das Jahr 1937. Die Kaiserliche Japanische Armee marschiert in die damalige Hauptstadt Nanjing ein. Der Krieg ist in vollem Gange. Zwischen die Fronten der blutigen Auseinandersetzung geraten dabei Pfarrer John Miller (Christian Bale) und eine handvoll Prostituierte und Schulkinder. Verzweifelt in der Kirche ausharrend, durchleben sie ihre schlimmsten Alpträume, bis sie sich zum Widerstand entschliessen.